一、增值税
专利技术投资入股，属于销售无形资产，符合规定条件的可以免征增值税。
根据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1）第十条规定，销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产；又根据《销售服务、无形资产、不动产注释》第二条规定，销售无形资产，是指转让无形资产所有权或者使用权的业务活动。无形资产，是指不具实物形态，但能带来经济利益的资产，包括技术、商标、著作权、商誉、自然资源使用权和其他权益性无形资产。技术，包括专利技术和非专利技术。因此，专利技术投资入股属于转让无形资产所有权，属于增值税的应税范围。
根据《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》（财税〔2016〕36号附件3）第一条第二十六项规定，纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务免征增值税。技术转让、技术开发，是指《销售服务、无形资产、不动产注释》中“转让技术”、“研发服务”范围内的业务活动。试点纳税人申请免征增值税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件报主管税务机关备查。又根据《科学技术部关于印发<技术合同认定规则>的通知》（国科发政字[2001]253号）第六条规定，以技术入股方式订立的合同，可按技术转让合同认定登记。因此，专利技术投资入股可以按规定申请免征增值税。
二、企业所得税
企业以专利技术投资入股，属于转让财产收入，符合规定条件的所得可以免征、减征企业所得税，并可以递延纳税，可以在不超过5个公历年度内（含）分期缴纳企业所得税，也可以选择递延至转让股权时纳税。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第六条第三项规定，企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：（三）转让财产收入，企业以专利技术投资入股取得的收入应计入收入总额申报缴纳企业所得税。根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条第四项规定，企业的下列所得，可以免征、减征企业所得税：（四）符合条件的技术转让所得；又根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九十条规定，企业所得税法第二十七条第(四)项所称符合条件的技术转让所得免征、减征企业所得税，是指一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。根据《国家税务总局关于技术转让所得减免企业所得税有关问题的通知》（国税函〔2009〕212号）第一条规定，享受减免企业所得税优惠的技术转让应符合以下条件：（一）享受优惠的技术转让主体是企业所得税法规定的居民企业；（二）技术转让属于财政部、国家税务总局规定的范围；（三）境内技术转让经省级以上科技部门认定；（四）向境外转让技术经省级以上商务部门认定；（五）国务院税务主管部门规定的其他条件。国税函〔2009〕212号第二条规定，符合条件的技术转让所得应按以下方法计算：技术转让所得=技术转让收入-技术转让成本-相关税费技术。转让收入是指当事人履行技术转让合同后获得的价款，不包括销售或转让设备、仪器、零部件、原材料等非技术性收入。不属于与技术转让项目密不可分的技术咨询、技术服务、技术培训等收入，不得计入技术转让收入。技术转让成本是指转让的无形资产的净值，即该无形资产的计税基础减除在资产使用期间按照规定计算的摊销扣除额后的余额。相关税费是指技术转让过程中实际发生的有关税费，包括除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加、合同签订费用、律师费等相关费用及其他支出。根据《财政部、国家税务总局关于居民企业技术转让有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2010〕111号）第一条规定，技术转让的范围，包括居民企业转让专利技术、计算机软件著作权、集成电路布图设计权、植物新品种、生物医药新品种，以及财政部和国家税务总局确定的其他技术。其中：专利技术，是指法律授予独占权的发明、实用新型和非简单改变产品图案的外观设计。财税〔2010〕111号第三条规定，技术转让应签订技术转让合同。其中，境内的技术转让须经省级以上（含省级）科技部门认定登记，跨境的技术转让须经省级以上（含省级）商务部门认定登记，涉及财政经费支持产生技术的转让，需省级以上（含省级）科技部门审批。财税〔2010〕111号第四条规定，居民企业从直接或间接持有股权之和达到100%的关联方取得的技术转让所得，不享受技术转让减免企业所得税优惠政策。根据《财政部 国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》（财税〔2014〕116号）第一条规定，居民企业以非货币性资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》（国家税务总局公告2014年第29号）第二条规定，企业接收股东划入资产的企业所得税处理：（一）企业接收股东划入资产（包括股东赠予资产、上市公司在股权分置改革过程中接收原非流通股股东和新非流通股股东赠予的资产、股东放弃本企业的股权，下同），凡合同、协议约定作为资本金（包括资本公积）且在会计上已做实际处理的，不计入企业的收入总额，企业应按公允价值确定该项资产的计税基础。 （二）企业接收股东划入资产，凡作为收入处理的，应按公允价值计入收入总额，计算缴纳企业所得税，同时按公允价值确定该项资产的计税基础。 《国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税有关征管问题的公告 》（国家税务总局公告2015年第33号)规定了非货币资产投资企业所得税有关征管问题。《国家税务总局关于资产（股权）划转企业所得税征管问题的公告》（税务总局公告2015年第40号）规定了股权划转企业所得税征管问题。根据《财政部 国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税〔2016〕101号）第三条规定，企业或个人以技术成果投资入股到境内居民企业，被投资企业支付的对价全部为股票（权）的，企业或个人可选择继续按现行有关税收政策执行，也可选择适用递延纳税优惠政策。选择技术成果投资入股递延纳税政策的，经向主管税务机关备案，投资入股当期可暂不纳税，允许递延至转让股权时，按股权转让收入减去技术成果原值和合理税费后的差额计算缴纳所得税。《国家税务总局关于股权激励和技术入股所得税征管问题的公告》（国家总局公告2016年第62号）规定，选择适用财税〔2016〕101号中递延纳税政策的，应当为实行查账征收的居民企业以技术成果所有权投资。企业适用递延纳税政策的，应在投资完成后首次预缴申报时，将相关内容填入《技术成果投资入股企业所得税递延纳税备案表》。企业接受技术成果投资入股，技术成果评估值明显不合理的，主管税务机关有权进行调整。个人以专利技术投资入股，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生，应按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，符合规定条件的，可以在不超过5个公历年度内（含）分期缴纳个人所得税，也可以选择递延至转让股权时纳税。根据《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）规定，个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。个人以非货币性资产投资，应按评估后的公允价值确认非货币性资产转让收入。非货币性资产转让收入减除该资产原值及合理税费后的余额为应纳税所得额。个人以非货币性资产投资，应于非货币性资产转让、取得被投资企业股权时，确认非货币性资产转让收入的实现。个人应在发生上述应税行为的次月15日内向主管税务机关申报纳税。纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内（含）分期缴纳个人所得税。根据《国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》（国家总局公告2015年第20号）规定了，个人以专利技术投资入股的征管规定。根据《财政部 国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税〔2016〕101号）第三条规定，企业或个人以技术成果投资入股到境内居民企业，被投资企业支付的对价全部为股票（权）的，企业或个人可选择继续按现行有关税收政策执行，也可选择适用递延纳税优惠政策。选择技术成果投资入股递延纳税政策的，经向主管税务机关备案，投资入股当期可暂不纳税，允许递延至转让股权时，按股权转让收入减去技术成果原值和合理税费后的差额计算缴纳所得税。《国家税务总局关于股权激励和技术入股所得税征管问题的公告》（国家总局公告2016年第62号）规定，个人以技术成果投资入股境内公司并选择递延纳税的，被投资公司应于取得技术成果并支付股权之次月15日内，向主管税务机关报送《技术成果投资入股个人所得税递延纳税备案表》、技术成果相关证书或证明材料、技术成果投资入股协议、技术成果评估报告等资料。个人因非上市公司实施股权激励或以技术成果投资入股取得的股票（权），实行递延纳税期间，扣缴义务人应于每个纳税年度终了后30日内，向主管税务机关报送《个人所得税递延纳税情况年度报告表》。递延纳税股票（权）转让、办理纳税申报时，扣缴义务人、个人应向主管税务机关一并报送能够证明股票（权）转让价格、递延纳税股票（权）原值、合理税费的有关资料，具体包括转让协议、评估报告和相关票据等。资料不全或无法充分证明有关情况，造成计税依据偏低，又无正当理由的，主管税务机关可依据税收征管法有关规定进行核定。
