战略性新兴产业的发展，实际上是两大探索：一是探索新的产业发展方式，即建立在技术体系基础之上的新产业，而不是像过去那样，靠‘拿来主义’，以市场换技术；二是探索新的政府管理方式。”冯飞说，后者的重要性不亚于前者，只有两个轮子一起转，才能推动战略性新兴产业健康、顺利成长。
因此，他认为，加快发展战略性新兴产业，必须突出三个创新：技术创新、商业模式创新和体制机制创新。
首先，发展战略性新兴产业，离不开新的技术体系。而在技术创新中，最重要的是企业的主体地位。日本50%左右的专利来自企业，美国是30%左右，我国只有10%左右，其余来自研究机构、高校等。这说明中国企业的技术创新能力还很薄弱。
如何提高企业的技术创新能力？冯飞认为，政府应从三方面入手——
一是抓创新的基础设施。除了支持具体项目，政府的研发资金还应有一块，用于企业的创新设施建设，如实验设备、测试设备等等。这些工程化创新平台是面向整个行业的、开放式的，而且应该是具有世界先进水平的。
第二是抓创新组织。我国以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，一直没有根本解决。从国际上看，成功的创新组织应该是产业创新联盟。1978年，日本由5个半导体公司组成大规模集成电路创新联盟，结果1985年就超过美国成为全球第一。后来美国人急了，就学日本，在1987年成立了一个由半导体集成电路企业和国家实验室、大学在内的半导体技术制造公司，几年之后夺回了霸主地位。
相比之下，我国成立产业创新联盟就更有必要。目前国内涌现出许多创新联盟，但总体效果不如人意。联盟所要解决的，是共性技术，其关键因素在于建立利益共享、风险共担的机制。
政府支持还包括在采购中优先购买创新产品，特别是首台套产品，以打破市场瓶颈、鼓励企业研发。
其次是商业模式创新。一定程度上，商业模式的创新决定着新技术和新服务的引入速度和市场化的推广速度。战略性新兴产业中的很多领域都面临商业模式创新的问题，比如物联网需要一个用户和企业双赢的模式，节能环保服务业需要合同能源管理这样的商业模式创新。
商业模式创新的重要性不亚于技术创新，这一点政府和企业还没有认识到位。政府要在政策层面上对商业模式创新给予支持，在管理上应放松管制，打破行业垄断和市场垄断，开放市场；同时，对合同能源管理等新型业态，采取包括降税在内的政策支持。
